Los Alamos to 27,52 tyś. akrów czyli ok. 110 km2 położonych na płaskowyżu 2160-2700 m n.p.m. W czasie zaledwie trzech miesięcy na całkowitym odludziu (64 km od najbliższej linii kolejowej) zostało wybudowane od podstaw miasteczko liczące ponad 100 budynków. Zbudowano je bez jakichkolwiek planów czy projektów, szybko i tanio, co odbiło się na warunkach, w jakich przyszło mieszkać i pracować naukowcom, np. zawsze były problemy z wodą. Wysoki, stalowy płot zwieńczony trzema drutami kolczastymi otaczał cały teren Site Y. Niezależnie od straży przy ogrodzeniu, specjalne oddziały żandarmerii wojskowej patrolowały teren Los Alamos. W marcu 1943 r. do Los Alamos przyjechali pierwsi naukowcy. Zainstalowano też urządzenia badawcze, m.in. cyklotron z Harvardu, dwa generatory elektrostatyczne van de Graaffa z Uniwersytetu Wisconsin, wysokonapięciowy przyspieszacz Cockcrofta-Waltona z Uniwersytetu Illinois i wiele innych. Na początku kwietnia Oppenheimer zarządził wykłady wprowadzające dla już obecnego personelu naukowego (ok. 100 osób). Wykłady te prowadził Robert Serber. Został nawet opracowany przez Edwarda Condona (zastępcę Oppenheimera w pierwszej fazie istnienia laboratorium) dokument zatytułowany Elementarz Los Alamos (Los Alamos Primer), który wręczano wszystkim nowym pracownikom dopuszczonym do tajemnicy. Na 24 odbitych na powielaczu stronicach Condon przedstawił program budowy bomby atomowej. W kwietniu 1943 r. zawarto z Uniwersytetem Kalifornijskim porozumienie dotyczące zarządzania w Los Alamos, na podstawie którego uczelnia ta miała odpowiadać za dysponowanie funduszami laboratorium. Umowa ta (wstecznie datowana na l stycznia w związku z wykonanymi już pracami) nadal obowiązuje.
